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為促進產業轉型升級，圍繞主導產業和各市首位產業，皖江示范區強化科技支撐，實施自主創新重大專項。 2014年，示范區科技型中小企業110個項目獲得國家創新基金立項，國家財政支持經費9382萬元；172個項目獲省科技攻關立項支持；349個項目獲省自然科學基金立項支持。同時，高新技術企業隊伍不斷壯大。截至去年底，皖江示范區擁有高新技術企業1814家，占全省的76.8%，獲國家新認定批復547家，占全省的79%；擁有創新型企業248家，占全省的67%。
皖江示范區圍繞產業鏈部署創新鏈，抓產業關鍵技術攻關，抓企業創新能力提升，抓重大科技成果轉化，抓體制機制改革創新，推動產業向中高端發展，承接產業轉移質量和水平不斷提高。去年以來，我省運用創新型試點省和合蕪蚌自主創新綜合試驗區建設兩大平臺，實施創新驅動發展戰略，推動示范區成為產業升級和自主創新的新高地。去年1月至11月，示范區戰略性新興產業產值達到5798.8億元，增長23.5%，高于全省0.5個百分點。前10個月,示范區高新技術產業產值9063.6億元，增長15.7%；累計授權專利2.9萬件，占全省73%。
示范區加快推動重大科技成果轉化。中科大先進技術研究院建設進展迅速，截至目前已與微軟、阿里巴巴等企業共建32家研發中心，孵化83家創新企業，院內創新單元數量達到115家，引進注冊資金2.93億元；集聚各類人才400多人。合肥、蕪湖市新能源汽車示范推廣工作推進不斷加強，合肥市在全國推廣應用城市(群)中位列前茅，推廣進度排名全國第一。
此外，皖江示范區高新技術轉化應用示范基地建設不斷提速。去年新增銅陵獅子山高新技術產業開發區、青陽機械基礎件高新技術產業基地，新增21家科技企業孵化器和2家生產力促進中心。截至目前，皖江示范區擁有各類高新技術產業基地30家，占全省的63%；擁有科技企業孵化器63家，占全省的74%；擁有生產力促進中心83家，占全省的65%。
