全國政協(xié)委員賈康在《關于加快環(huán)境保護稅立法》的提案中建議：

一是順應總體財稅改革方向和部署加快立法、及早開征環(huán)境保護稅。在穩(wěn)定宏觀稅負的前提下開征環(huán)境保護稅，可在環(huán)境費改稅、改革資源稅的同時，相應減少企業(yè)所得稅、關稅等稅負。同時，建議環(huán)境保護稅全部進入地方稅收入，作為一般預算收入統(tǒng)籌管理，不延續(xù)“專款專用”的老路。為了解決基層環(huán)保官員靠排污費發(fā)工資的情況，從編制和預算上向基層環(huán)保部門適當傾斜以“收支兩條線”規(guī)范強化基層環(huán)保監(jiān)管。

       二是適當提高環(huán)境保護稅稅率并縮小免征范圍。可以參照一些省市已自行調高的環(huán)境費率作優(yōu)化設計，如北京市二氧化硫、氮氧化物、化學需氧量排污費水平均已提高到每千克10元，遠高于征求意見稿中每千克1.26元、1.26元和1.4元的水平。據(jù)測算，我國電廠脫硫脫硝成本分別為每千克2元和5元，均高于征求意見稿中每千克1.26元的水平。如果不調高征收標準，開征環(huán)境保護稅對減排的促進作用會大打折扣。此外，不建議對非規(guī)模化養(yǎng)殖的農業(yè)、達標的城鎮(zhèn)污水處理廠和生活垃圾處理廠免征環(huán)境保護稅。2013年，城市污水排放占我國廢水排放總量的近七成；2014年到2020年預計我國城鎮(zhèn)生活垃圾將新增3162萬噸；2014年農業(yè)貢獻的化學需氧量和氨氮排放占到了總量的48%和32%。這三類污染源從絕對量和相對量上都非常可觀，建議取消與其相關的免征規(guī)定。

三是設計清晰的部門協(xié)調分工。在已有征求意見稿基礎上，進一步細化征收管理流程，明確納稅單位、稅負和環(huán)保部門的責任義務。可參考環(huán)保部門現(xiàn)已擁有的排污申報及核定數(shù)據(jù)作為核定環(huán)境保護稅應納稅額的基礎數(shù)據(jù)，避免不必要的重復工作給企業(yè)和政府部門帶來過多額外負擔。今后由企業(yè)向環(huán)保部門申報污染物、環(huán)保部門審核污染物排放數(shù)據(jù)、企業(yè)根據(jù)審核后的排污數(shù)據(jù)向稅務部門申報環(huán)境保護稅、由稅務部門征收，同時各部門實現(xiàn)信息共享，緊密合作。